Hasil penelitian Evaluasi Program Penyelenggaraan MANIC di 10 wilayah menunjukkan bahwa penyelenggaraan MANIC yang sudah berlangsung sekitar dua dasawarsa masih berjalan dengan baik dan konsisten dalam pengelolaannya, yang dilakukan dengan mengacu pada pedoman penyelenggaraan MANIC. Baiknya penyelenggaraan ini dapat dilihat dari prestasi hasil belajar (output) bidang akademik dan non akademik, yang terlihat dari perolehan nilai UNBK peserta didik yang selalu menempati peringkat tertinggi tingkat kabupaten/kota, propinsi, hingga nasional, banyaknya peserta didik memperoleh nilai 100 untuk mata pelajaran IPA, IPS dan bahasa,  nilai UAMBN mapel PAI yang juga menempati peringkat tertinggi dibanding MA lain, selalu menjuarai olimpiade IPA tingkat nasional bahkan internasional, menjuarai lomba di KSM, lomba riset, lomba bidang keagamaan seperti lomba Fahmil Qur’an, MTQ, kaligrafi dan pidato bahasa Arab, dan memiliki sebaran alumni yang mampu menembus perguruan tinggi ternama di dalam dan luar negeri. Namun demikian, hasil penelitian juga menunjukkan bahwa penyelenggaraannya MANIC juga masih menghadapi persoalan pada berbagai aspeknya antara lain pada aspek kebijakan, ketenagaan, pembiayaan, peserta didik dan kurikulum. Beberapa persoalan ini jika tidak segera diatasi dikhawatirkan dapat mengganggu kestabilan dan kelancaran pelaksanaan pembelajaran, yang pada akhirnya akan mempengaruhi kualitas penyelenggaraan MANIC dan kualitas hasil pembelajaran.