Pemerintah Indonesia melalui Kementerian Agama telah melakukan kerjasama bidang pendidikan Islam dengan keempat negara ASEAN, negara Brunei Darussalam, Malaysia, Singapura, dan Indonesia dalam bingkai MABIMS (Menteri-menteri Agama Brunei Darussalam, Indonesia, Malaysia, dan Singapura). Kerjasama bidang pendidikan Islam merupakan salah satu bidang strategis yang menjadi perhatian MABIMS untuk mendukung syiar dan dakwah Islam terutama Islam Wasathiyyah (Islam Moderat), termasuk dengan negara Asean di luar kerangka MABIMS. Perluasan kerjasama bidang pendidikan Islam tersebut dapat dilakukan juga dengan Kamboja. Dalam jangka pendek kerjasama pengembangan pendidikan Islam antara Indonesia, dalam hal ini Kementerian Agama, khususnya Direktorat Jenderal Pendidikan Islam, dengan Kamboja perlu membuat program pertukaran siswa, guru agama Islam, bahan atau materi pembelajaran (kurikulum), penjaminan mutu madrasah dan berbagai program lainnya sesuai dengan skala prioritas kebutuhan di masing-masing lembaga pendidikan Islam.