Penegerian madrasah dilakukan berdasarkan usulan daerah dan kabijakan dari Pusat. Usulan tersebut sejatinya baik tetapi memerlukan konfirmasi lapangan secara teliti apakah madrasah yang diusulkan memang tepat untuk dinegerikan. Sebab, penegerian madrasah pada hakekatnya mengemban misi peningkatan mutu berkelanjutan, memperluas akses dan pemerataan. Untuk pemerataan, pemerintah harus hati-hati terutama pada daerah tertentu (3 T dan kabupaten/kota yang belum memiliki madrasah negeri). Pertimbangan lain, dalam melakukan penegerian madrasah adalah pemilihan lokasi. Letak madrasah negeri, harus berada dalam lokasi yang baik atau optimal dengan indiktor minim biaya transportasi, (Bingham dan Miered, 1993) dan aksesabilitas yaitu tingkat kemudahan mencapai lokasi tersebut, (Tarigan, 2006). Pada titik ini, Kementerian Agama perlu mempertimbangkan kebijakan Affirmative Action.