Secara teknis, penerapan Lima Nilai Budaya Kerja di lingkungan Kementerian Agama didasarkan pada Surat Edaran Sekretaris Jenderal Kemenag Nomor:  SJ/H.M.03/6042/2014 tentang Launching Budaya Kerja dan Pencanangan Gerakan Nasional Lima Nilai Budaya Kerja Kemenag pada tanggal 3 Januari 2015. Dalam penerapannya, Lima Nilai Budaya Kerja masih mengalami masalah: 1) Tidak efektifnya sosialisasi 5 Nilai Budaya Kerja sebagai sebuah kebijakan sehingga sangat beragamnya pengetahuan ASN Kementerian Agama tentang kebijakan tersebut, 2) Kebijakan kepagawaian pada masing-masing unit kerja kerja masih belum menerapkan prinsip-prinsip 5 (lima) nilai budaya kerja, 3) Lima Nilai Budaya belum didukung oleh perangkat yang memadai sehingga dapat dilaksanakan secara efektif dan terukur, seperti (a) rumusan indikator yang secara operasional dapat menjadi standar pedoman pelaksanaan oleh ASN, sehingga pelaksanaannya dapat diukur dalam kerangka ukurang kinerja, (b) instrumen penilaian kinerja yang sesuai dengan prinsip-prinsip 5 Nilai Budaya Kerja sebagai dasar penilaian kinerja ASN dan (c) mekanisme penegakkan 5 Nilai Budaya Kerja dalam bentuk reward dan punishment.