Penyelenggaraan program studi pada Ma’had Aly memiliki keragaman dalam banyak aspek, seperti tradisi intelektual, bobot kajian kitab kuning, pengelolaan pembelajaran, kualifikasi dan kompetensi akademik pendidik dan tenaga kependidikan, kapasitas kelembagaan, serta dukungan finansial.

PMA Nomor 71 Tahun 2015 tentang Ma’had Aly mengatur pembinaan Ma’had Aly sebagai perguruan tinggi keagamaan Islam (PTKI) untuk menjamin akuntabilitas penyeleng­garaan pendidikan dan mutu Ma’had Aly, dan pengawasan terhadap penerapan norma dan ketentuan akademik dan nonakademik pada Ma’had Aly dilakukan oleh Menteri Agama.

Kebijakan tata kelola pendidikan Ma’had Aly untuk menjamin efisiensi, efektivitas, dan akuntabilitas pengelolaan Ma’had Aly, akan berjalan jauh lebih maksimal jika dilakukan oleh Direktorat Pendidikan Tinggi Keagamaan Islam.