Penelitian ini berbicara tentang sistem pendidikan dan  jaringan pondok pesantren tahfidz al-Qur’an di Kudus, Solo dan Bogor, dengan tujuan mendeskripsikan sistem pendidikan pondok pesantren tahfidz (Yanbu’ul Qur’an Kudus, Isy Karima Solo, dan Darul Qur’an Mulia Bogor); dan mengidentifikasi jaringan tiga pondok pesantren tahfidz dimaksud. Selanjutnya metode penelitian yang digunakan adalah metode deskriptif, analisis dan sejarah yang diterapkan secara integrated serta dipaparkan melalui proses kualitatif dengan penelusuran pengumpulan data observasi, wawancara dan catatan dokumen pada tiga pondok pesantren tahfidz (Yanbu’ul Qur’an Kudus, Isy Karima Solo, dan  Darul Qur’an Mulia Bogor). Sedangkan langkah analisis data yang hadirkan adalah langkah analisis penelitian kualitatif, yaitu: reduksi data, display data dan verifikasi data yang dikaji melalui trianggulasi.

Mencermati hirarkis paparan di atas, maka temuan penelitian menunjukkan bahwa tiga system pendidikan pondok pesantren tahfidz (Yanbu’ul Qur’an Kudus, Isy Karima Solo, dan Darul Qur’an Mulia Bogor) terdapat keunikan/karakteristik berbeda satu sama lainnya yang merupakan ciri khas masing-masing dari ketiga pondok pesantren tahfidz dimaksud. Yanbu’ul Qur’an Kudus memiliki keunikan lima konsep yang harus ditanamkan terhadap peserta didik dalam menghafal al-Qur’an, yaitu keikhlasan, ta’at dan patuh, pentingnya kualitas, serta sabar dan teliti. Sementara pondok pesantren tahfidz Isy Karima Solo memiliki keunikan berupa program pendidikan setingkat diploma II khusus bagi mahasantri/peserta didik dari berbagai daerah, dengan masa pendidikan dua tahun fasilitas beasiswa penuh, dan wajib mengkhatamkan al-Qur’an 30 juz, melalui tiga teknik menghafal al-Qur’an visual, audio dan kinestetik. Adapun pondok pesantren tahfidz Darul Qur’an Mulia Bogor memiliki keunikan empat interaksi komprehensif dalam menghafal al-Qur’an dalam format  halaqoh terdiri dari teknik: tilawah, tafhim, tahfidz, dan tathbiq nilai-nilai yang ada di dalam kandungan al-Qur’an, sehingga  muncul kecintaan terhadap al-Qur’an. Dan keempat bentuk interaksi komprehensif itu terintegrasi, sehingga tertanam sikap kesederhanaan dan akhlaqul karimah.

Sedangkan keniscayaan adanya jaringan pada tiga pondok pesantren tahfidz (Yanbu’ul Qur’an Kudus, Isy Karima Solo, dan Darul Qur’an Mulia Bogor), karena pesantren tahfidz alQur’an merupakan pusat spiritual dan intelektual masyarakat. Ia lahir dari Rahim masyarakat. Tumbuh dan berkembang bersama dan menemani masyarakat. Pesantren tahfidz ini hadir untuk memenuhi kebutuhan pragmatis masyarakat baik yang berwujud material maupun immaterial. Oleh karena itu pesantren tahfidz menjadi tempat bertumpu masyarakat, maka pesantren kendati secara eksklusif merupakan milik sang kiyai, pesantern juga menjadi “milik” masyarakat luas, dengan sistem manajemen pengelolaannya mandiri tanpa ketergantungan pemerintah dan ormas tertentu.